Il Moderatore è un Autorità propria dell’Istituto collegato (affiliato, aggregato, incorporato, ISSR). Di norma è il Vescovo o l'Eparca del luogo dove ha sede l'Istituto o Superiore Maggiore. Se esso si trova all'interno di un'Università ecclesiastica, il ruolo del Moderatore è svolto dal Rettore Magnifico.
Al Moderatore spetta:
- procurare che la dottrina cattolica sia integralmente custodita e fedelmente trasmessa;
- nominare i Docenti stabili – acquisito il parere favorevole della Facoltà a quale Istituto è collegato – e gli altri Docenti che dovranno insegnare, concedendo la missio canonica a coloro che insegnano discipline concernenti la fede e la morale, dopo aver emesso la professione di fede, nonché la venia docendi a coloro che insegnano altre discipline. Nel caso in cui il compito del Moderatore venga svolto dal Rettore dell'Università, è il Gran Cancelliere o il suo delegato che concede la missio canonica o la venia docendi;
- revocare la missio canonica o la venia docendi. Nel caso in cui il compito del Moderatore venga svolto dal Rettore dell'Università, tale compito spetta al Gran Cancelliere o al suo delegato;
- dare il nulla osta (lat. Nihil obstat) per la nomina del Direttore;
- vigilare sull'andamento dottrinale e disciplinare dell'Istituto, riferendone al Gran Cancelliere;
- significare alla Facoltà a quale Istituto è collegato le maggiori difficoltà di cui venisse a conoscenza, invitando la medesima Facoltà a prendere adeguate misure;
- nominare il Vice Direttore, l'Economo e il Segretario dell'Istituto, se le circostanze lo suggeriscono, dopo aver sentito in merito il parere del Direttore;
- approvare i bilanci annuali consuntivi e preventivi e gli atti di straordinaria amministrazione dell'Istituto;
- firmare i Diplomi dei gradi accademici dell'Istituto, insieme con il Preside (Decano) della Facoltà al quale l’Istituto è collegato e con il Direttore dell'Istituto.